Flávia é filha de uma professora, Raquel, e de um comandante de um navio, Hélio, tendo uma irmã mais velha, Keila, além de um irmão mais velho, Hélio.

Tem uma filha, Giulia, do casamento com o ator e diretor Marcos Paulo, do qual está divorciada. Desde 2002 está casada com o apresentador de televisão Otaviano Costa.